「B.C.5000年には、植え付けた作物と家畜に主として依存した農業集落の最初の証拠」がある。定住して人口が増え、農耕・牧畜を行なえば、大集落で人間と家畜が密集することになる。
すると、「農業のため、新たな家畜の牧草地のために土地を開くことで、まったく新しい景観が作り出され、まったく新しい生態学的ニッチ（Wikipedia：ニッチは、生物学では生態的地位を意味する。ひとつの種が利用する、あるまとまった範囲の環境要因のこと）が生まれた。日照が増え、土壌が露出して、そこに新しい植物、動物、昆虫、そして微生物がどっと移ってきて、それまでの生態系のパターンをかき乱した。
定住とそれによって可能となった群集状態は、どれほど大きく評価してもしすぎにはならない。なにしろ、ホモ・サピエンスに特異的に適応した微生物による感染症は、ほぼすべてがこの1万年の間に ―― しかも、おそらくその多くは過去5000年のうちに ―― 出現しているのだ。これは強い意味での『文明効果』だった。コレラ、天然痘、おたふく風邪、麻疹、インフルエンザ、水痘、そしておそらくマラリアなど、歴史的に新しいこうした疾患は、都市化が始まったから、農業が始まったからこそ生じたものだ。
人間と動物が、近い距離で継続的に接触し合うようになったことで、広範な感染性生物が急速に共有されるようになった。推定値はさまざまだが、現在わかっているだけで1400種あるヒトの病原菌のうち、800～900種はヒト以外の宿主を起源とする動物原性感染症だとされている。そして、ホモ・サピエンスは最後の『行き止まり』の宿主だ。
病気は、いったん定住地人口の風土病になってしまうと致死率が大きく下がり、大半の保菌者にはほとんど症状が出ないままで流通する。この時点で、この病原菌に曝露したことがなく、ほとんど免疫のない者が、この風土病を持っている人たちと接触すると、その人たちだけが脆弱ということになる。だから、それまで群衆免疫の枠外にいた戦争捕虜や奴隷、移民、あるいは孤立した村落などは、定住人口の大半が長い時間をかけて免疫を獲得してきた病気をうまく防げないで、罹患する確率が高い。
旧世界と新世界の遭遇がネイティブ・アメリカンにとって大惨事となったのも、もちろんこれが理由だった。彼らは旧世界の病原菌から1万年以上も隔離されていて、まったく免疫がなかったのである。
種を超える動物原生感染症の新世代は、人間と動物の個体数が増え、長距離接触の頻度が上がるのに合わせて成長していった。それは現在も続いている。だから中国南東部、具体的には広東省が、新型の鳥インフルエンザや豚インフルエンザの世界最大の培養皿となってきたことも、さして驚きではない。あの地域にはホモ・サピエンス、ブタ、ニワトリ、ガチョウ、アヒル、そして世界の野生動物の市場がどこよりも大規模に、どこよりも高い密度で、しかも歴史的に最も集中してきた地域なのだ」（『反穀物の人類史』を抜粋・再構成）。
